En partenariat avec l’Agence de l’eau et l'Etat, le Département a mis en place un réseau de suivi de la qualité des cours d'eau afin d’améliorer la connaissance générale des milieux aquatiques.
Le Département assure la maîtrise d’ouvrage du suivi mensuel de 53 points de mesure. L’Institut en santé agro-environnement est en charge de la réalisation des prélèvements d’échantillons d’eau, des mesures sur le terrain et des analyses en laboratoire.
Avec les points de mesure complémentaires de l’Agence de l’eau, 83 points, au total, permettent d’évaluer l’état des cours d’eau d’Ille-et-Vilaine.